Biblioteka Ossolineum nieustannie kontroluje swoje zbiory, czyli prowadzi tak zwane skontra. Obowiązek takiej kontroli wynika z Rozporządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z dnia 29 października 2008 roku w sprawie ewidencji materiałów bibliotecznych (Dziennik Ustaw nr 205 z 2008 r., poz. 1283 oraz $ 17 ust. 14 z 13 maja 2009 r.).
Celem skontrum jest porównanie stanu faktycznego zbiorów z zapisami w dokumentacji bibliotecznej. W Ossolineum ma ono charakter permanentnego sprawdzania zasobów nowych druków zwartych i ciągłych. Realizowane są także doraźne skontra zbiorów specjalnych oraz księgozbiorów podręcznych jednostek organizacyjnych ZNiO. Podstawą prowadzenia skontrum są księgi inwentarzowe, komputerowe bazy danych, katalogi topograficzne oraz inne pomoce ewidencyjne. Materiały nieodnalezione podczas skontrum uznaje się za braki względne, po przeprowadzeniu ponownego skontrum – za braki bezwzględne.
Dodatkowym celem kontroli zbiorów w Bibliotece Ossolineum jest opracowanie, w porozumieniu z Konserwatorem Zbiorów Zakładu Narodowego im. Ossolińskich, zaleceń poskontrowych w zakresie monitorowania warunków przechowywania nowych druków zwartych i ciągłych.
